The blood proteome as a window into human health and disease
Tid: Fr 2026-05-22 kl 13.30
Plats: Eva & George Klein, Solnavägen, 9, Solna
Videolänk: https://kth-se.zoom.us/j/69364610322
Språk: Engelska
Ämnesområde: Bioteknologi
Respondent: María Bueno Álvez , Systembiologi, Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Opponent: Professor Claudia Langenberg, Queen Mary University of London
Handledare: Professor Mathias Uhlén, Systembiologi, Science for Life Laboratory, SciLifeLab, Albanova VinnExcellence Center for Protein Technology, ProNova; Docent Fredrik Edfors, Science for Life Laboratory, SciLifeLab, Systembiologi; Universitetslektor Adil Mardinoglu, Proteomik och nanobioteknologi, Systembiologi, Science for Life Laboratory, SciLifeLab
QC 2026-04-28
Abstract
Proteiner i blodplasma återspeglar de fysiologiska och patologiska processer som sker i kroppen och utgör därmed en unik källa till information om människokroppens hälsotillstånd. Den tekniska utvecklingen inom analys av plasmaproteomet har möjliggjort att tusentals proteiner kan kvantifieras i tusentals prover. Detta har skapat goda förutsättningar för identifiering av nya kliniskt relevanta biomarkörer som kan mätas i ett enkelt blodprov och användas inom diagnostik, riskstratifiering och prognos. Tillämpningen av bioinformatiska metoder på högdimensionell data har varit en nyckel till identifiering av proteiner kopplade till specifika hälso- och sjukdomstillstånd. Trots omfattande metodutveckling inom både bioinformatik och olika proteomikplattformar har få biomarkörer introducerats inom klinisk kemi, vilket understryker behovet av bredare studier, utökande jämförelsegrupper och ett större fokus på validering.
Syftet med denna avhandling är att bidra till nya lovande biomarkörspaneler genom att skräddarsy och optimera de sammanhang där blodplasmaproteomet studeras. De inledande studierna fokuserar på cancerdiagnostik: i Artikel I identifieras biomarkörspaneler som kan ge ledtrådar om tidig utvecklad cancer hos patienter med diffusa symptom, och i Artikel II identifieras proteiner med potential att urskilja tolv olika cancerformer från varandra. Artikel III bygger vidare på de tidigare nämnda studierna genom att även inkludera friska vuxna som kombinerats med uppföljningsstudier hos barn som växer upp, äldre samt ett stort antal sjukdomstillstånd. Detta följs upp med Artikel IV som undersöker hur väl olika affinitetsproteomikplattformar stämmer överens, samt hur resultatet översätts till biologisk kontext. Slutligen presenterar Artikel V ett programmeringsbibliotek som innehåller flera analysmetoder för att effektivisera biomarkörsforskning baserad på storskalig data.
Sammantaget visar avhandlingen hur affinitetsproteomik och bioinformatiska arbetsflöden kan kombineras för att utforska det cirkulerande proteomet i olika hälso- och sjukdomstillstånd. Det övergripande arbetet belyser värdet av sjukdomsöverskridande jämförelser samt vikten av reproducerbara arbetsflöden vid biomarkörsstudier. Avhandlingen har genomförts inom ramen för Human Disease Blood Resource, som är en del av Human Protein Atlas (www.proteinatlas.org) där data och resultat som genererats som en resurs inom precisionsmedicin.