Till innehåll på sidan

Development of novel affinity enrichment strategies for clinical applications using selected reaction monitoring

Tid: Fr 2022-10-14 kl 10.00

Plats: Gradängsalen, Teknikringen 1, Stockholm

Språk: Engelska

Ämnesområde: Bioteknologi

Respondent: Andreas Hober , Proteinvetenskap, Science for Life Laboratory, SciLifeLab

Opponent: Professor Johan Malmström, Division of Infection Medicine, Department of Clinical Sciences, Faculty of Medicine, Lund University, Lund, Sweden

Handledare: Professor Mathias Uhlén, Science for Life Laboratory, SciLifeLab, Proteinvetenskap; Docent Fredrik Edfors, Proteinvetenskap, Science for Life Laboratory, SciLifeLab; Doctor Björn Forsström, Science for Life Laboratory, SciLifeLab, Proteinvetenskap, Atlas Antibodies AB, Bromma, Sweden

Exportera till kalender

QC 2022-09-20

Abstract

Proteiner är livsviktiga molekyler som både förser celler med struktur och utför diverse reaktioner och uppgifter som håller cellerna vid liv. Ju mer komplex en organism är, desto svårare blir proteinernas uppgifter. I en organism som består av flera celler, såsom människor och djur, räcker det inte längre att varje cell sköter sina reaktioner och undertaganden separat, utan alla sådana processer måste koordineras. Denna koordinering utförs också av proteinerna. Proteinerna utgör en så stor del av livet att om du rör vid något levande så är det i regel proteiner som bygger upp den yta du känner. De är till och med så tätt ordnade att varje liten cell består av miljoner och åter miljoner proteiner. Inte nog med detta. Att du ens kan känna att du tar på en annan varelse eller föremål är också något som proteiner ser till. De ansvarar för att föra vidare signalerna från handen till hjärnan och att du sedan uppfattar detta som ett föremål. Det är därför inte förvånande att man måste förstå proteinernas uppgifter i alla möjliga situationer för att kunna veta hur en frisk människa fungerar och därmed avgöra när någon är sjuk. Detta ligger till grund för hela medicinfältet. För att kunna komma på nya behandlingar och för att rentav kunna förebygga sjukdomar är det nödvändigt att ha så mycket kunskap som möjligt om hur proteiner fungerar. Att studera proteiner i stor skala brukar kallas för proteomik och detta område har utvecklats något oerhört de senaste årtionden och det finns en mängd olika tekniker för att undersöka proteiner på. De flesta av dessa tekniker bygger dock på två huvudområden: masspektrometri och affinitetsreagens.

I den här avhandlingen har båda dessa områden utforskats. Den första delen av avhandlingen, som utgörs av Artikel I och Artikel II, bygger på masspektrometri. Här används så kallad riktad proteomik för att mäta proteinnivåerna av kliniska markörer i blodplasma. I del två, som utgörs av Artikel III och Artikel IV, undersöks istället affinitetsreagens och hur man kan försäkra sig om att de binder till de protein som man tror att de binder till i en stor skala. Slutligen kombineras båda dessa två områden i Artikel V och används för att undersöka förekomsten av SARS-CoV-2 i en asymtomatisk grupp människor.

urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-318308