Till innehåll på sidan

Pathway analysis: methods and perspectives

Tid: On 2022-09-28 kl 14.00

Plats: Air & Fire, Tomtebodavägen 23A, Solna

Videolänk: https://kth-se.zoom.us/j/61760412942

Språk: Engelska

Ämnesområde: Bioteknologi

Respondent: Gustavo Stolf Jeuken , Genteknologi, Science for Life Laboratory, SciLifeLab

Opponent: Biträdande professor Mika Gustafsson, Linköping University, Faculty of Science & Engineering, Department of Physics, Chemistry and Biology.

Handledare: Professor Lukas Käll, Science for Life Laboratory, SciLifeLab, Genteknologi

Exportera till kalender

QC 2022-08-25

Abstract

Mängden data som genereras i storskaliga molekylärbiologiska experiment ökar stadigt, både i kvantitet och kvalitet. Som en konsekvens ökar behovet av kraftfullare och mer omfattande metoder för tolkning och statistisk analys av sådan data.

En forskningsmetodik som försöker lösa problem associerade med den statistiska analysen utav stora blandade biologiska datamängder är pathway-analys (från engelskans pathway; gångväg eller sekvens av steg). En biologisk eller biomedicinsk pathway är en enhet av annoterad information, som har kurerats på ett sådant sätt att den representerar tidigare biologisk kunskap. Den programmatiskt tillgängliga informationen över rimliga kopplingar i den stora datamängden kan innefatta metabola processer, cellulär lokalisering eller biokemisk funktion. Den stora mängden pathways möjliggör sedan systematisk dataintegrering och ökad förståelse utav stora datamängder från hög-kapacitets experiment.

I denna avhandling beskriver vi pathway-analys genom att först ge en kort introduktion till teknikerna, vad som motiverade dess utveckling, de problem pathway-analys försöker lösa och några av de föreslagna statistiska metoderna, tillsammans med en del diskussion om implikationerna av denna typ av analys.

Jag presenterar sedan tre publikationer om pathway-analys, var och en med olika perspektiv på uppgiften. Först presenterar vi en mer tillförlitlig, graf baserad, statistisk null-modell för pathway-analysmetoder som bygger på funktionella associationsnätverk, vilket resulterar i bättre kalibrerad statistik. I den andra artikeln visar vi hur vi kan kombinera pathway-analysmetodik med andra statistiska metoder, såsom överlevnadsanalys. Vi tillämpade denna metod på en stor bröstcancerkohort och visar att i detta fall ger pathways bättre prognostisk kraft än enskilda gener. I den tredje artikeln utnyttjar vi begrepp från informationsteori för att designa en förbättrad pathway-analysmetodik, som är mycket känslig och flexibel, samtidigt som den är praktiskt taget utan parametrar. Tillsammans bidrar alla tre artiklarna till att öka fältets användbarhet och förståelsen för denna typ av analys.

urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-316604