Till innehåll på sidan
Till KTH:s startsida Till KTH:s startsida

DDLS-fellow rekryteras till CBH – välkommen att lyssna på kandidaternas presentationer

DDLS, DNA-sträng och Sverige-karta.
SciLifeLab:s och Wallenbergs nationella program för datadriven life science, DDLS, är en 12-årig satsning finansierad av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse.
Publicerad 2024-06-17

En fellow ska rekryteras till det nationella programmet Data-driven life science.
Den 25 juni besöker kandidaterna SciLifeLab och berättar om sin forskning.
Alla på CBH är välkomna att lyssna på kandidaternas presentationer via Zoom. Den som vill vara med på plats behöver passerkort.

Dagen innan håller kandidaterna dessutom en testföreläsning på 15 minuter. Testföreläsningen är för en tentativ masterkurs i Data-Driven Life Sciences, inklusive ämnen som programmeringsmiljöer och användning av datorkluster, filhantering, beräkningstunga algoritmer, visualisering och statistik.

Länk till testföreläsningar den 24 juni 08:00-10:25

Att använda datorkraft för att förstå livsvetenskap

SciLifeLab:s och Wallenbergs nationella program för datadriven life science, DDLS, är en 12-årig satsning finansierad med totalt 3,1 miljarder kronor från Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse.

– Data-driven life science handlar om att använda datorkraft, t.ex. artificiell intelligens, för att förstå livsvetenskap. Aldrig tidigare har så mycket data producerats inom livsvetenskaperna. Datan som växer fram måste hanteras för att möjliggöra upptäckter av de mönster och samband som finns. Samtidigt har datorkraft, artificiell intelligens och annan teknik som behövs för att hantera data förbättrats avsevärt, säger Cecilia Williams, prefekt på institutionen för proteinvetenskap.

Ett antal universitet över hela Sverige rekryterar DDLS-fellows till fyra olika områden inom livsvetenskap. En yngre disputerad forskare, som väljs ut av en rekryteringskommitté, kommer att anställas på ett biträdande lektorat på SciLifeLab för att bedriva oberoende forskning och undervisa.

Syftet med programmet är att överbrygga forskningsgemenskaperna inom biovetenskap och datavetenskap samt skapa partnerskap med industri, sjukvård och andra nationella och internationella aktörer.

– SciLifeLab, som idag bedriver forskningsverksamhet vid alla större svenska lärosäten, tillhandahåller en nationell infrastruktur och fungerar som ett nav för livsvetenskaper inom olika discipliner, är huvudvärd för programmet. Vår fellow är avsedd att verka inom området precisionsmedicin och diagnostic med fokus på cancer och kommer att vara placerad på Campus Solna, säger Cecilia Williams. 

Vad hoppas ni kunna uppnå med rekryteringen, vad ska den tillföra?

– Vi hoppas få in ny kompetens inom detta område, som är ett område som utvecklas starkt och som det satsas mycket kring. Vi hoppas också att det ska ge synergier till forskning som redan bedrivs på institutionen, t.ex kring Human Protein Atlas och den cancerforskning vi har, och att vi ska få in fakultet som kan bidra med att utveckla undervisning inom detta område.

Vem kan komma i fråga för att bli fellow?

– Kandidaten behöver vara duktig på att använda sig av eller utveckla algoritmer för maskininlärning eller annan typ av artificiell intelligens, för att analysera och hitta samband i stora mängder av biologiska data. Biologisk data kan vara genetisk information och genuttryck i cancer, bilder på celler, vävnader eller liknande. Kandidaten bör, förutom att kunna ämnesområdet, även demonstrera en potential för självständighet när det gäller att sätta upp relevanta hypoteser och bedriva forskning kring dessa och undervisning.

Det ses som positivt att ha gjort en postdoc på annat lärosäte än där kandidaten doktorerade, för att få erfarenhet och utveckla självständigheten, och att då ha publicerat bra studier. Även insikt i pedagogik är meriterande. Biträdande lektorat är framför allt avsedda för yngre forskare som disputerade för inte mer än fem år sedan.

Text: Sabina Fabrizi

KTH DDLS FELLOW: Precision Medicine and Biomarkers kandidatpresentationer

25 juni, 13:00-15:30
SciLifeLab, Gamma 7, lunchrummet

Talare: Muhammad Arif, Arian Lundberg, Linda Kvastad, Marcel Tarbier, and Samuli Eldfors

13:00-13:25 Muhammad Arif National Institutes of Health (NIH), USA "Integrative Multi-omics Frameworks for Understanding the Molecular Mechanism of Progressive Diseases”

13:30-13:55 Arian Lundberg The Royal Marsden Hospital and The Institute of Cancer Research, London. “A Multi-omics Investigation of the Tumour- specific Microbiome and its Impact on Cancer Progression.”

14:00-14:25 Linda Kvastad Dept. Gene Technology, KTH "Spatial Profiling of the Genetic Landscape in Pediatric Brain Tumors”

14:30-14:55 Marcel Tarbier Dept. Microbiology, Tumor and Cell Biology, Karolinska Institute "The Nature and Nurture of Heterogeneous Cancer Phenotypes: Imputing and Integrating Complex Cell Features from Gene Expression”

15:00-15:25 Samuli Eldfors Massachusetts General Hospital Cancer Center and Harvard Medical School. Boston, USA "Data-driven Strategies for Precision Medicine in Myeloid Cancers”